醇醚酯化工清洁生产国家工程实验室（厦门大学）（以下简称“本室”）于2008年6月经国家发改委批准启动建设，并于2012年12月28日以优秀项目顺利通过验收。本室依托厦门大学，是非法人实体研发机构，实行理事会领导和技术委员会指导下的主任负责制。本室的建设目标和任务是：围绕国家发改委批建本室的任务和目标，面向醇醚酯化工行业关键技术和清洁生产工艺需求，以醇醚酯等关键大宗化学品和碳基燃料的清洁生产及相关节能环保技术为研发方向，以全链条贯通从基础到工程化技术开发为特色，推动实现相关技术的工程化和产业化，并针对催化工艺升级和工业放大过程中遇到的困难和问题，提供具有完全自主知识产权的技术成果与工艺集成。与此同时，本室加快研发团队和科研条件的建设，积极承担国家能源化工领域相关技术攻关项目，开展与行业内工业企业的“产学研”合作。
本室组建了一支以万惠霖院士为技术带头人;以数十名具有丰富实践经验和较深造诣的研究与工程技术人才组成的技术团队，积极承担国家能源化工领域相关技术攻关项目，致力于煤基燃料化工新一代重要催化剂及先进绿色催化工艺的自主研发及创新性应用研发成果的工业化转化。本室现有固定研究人员107人，其中中国科学院院士3人，国家优秀青年人才3人，科技部科技创新领军人才3人。
本室现有基础研发部：位于思明校区化学楼（1740平方米）;研发放大平台：位于翔安校区能源1号楼（5188平方米）；公共仪器与分析测试平台：位于翔安校区能源1号楼（330平方米）；过程与工艺放大平台：位于翔安校区能源3号楼工程房（1000平方米）以及位于漳州校区的产学研大楼（5361平方米）。拥有核磁共振波谱仪、X射线荧光光谱仪和原位瞬态动力学装置等研发仪器；还自主搭建近百套用于能源化工、高新材料及化学品研发的仪器装置。设备仪器原值总计超过12387万元，具有承担国家、企业重大应用研究及工程化的能力。
本室在应用研究部下设能源化工、材料工程、过程工程等相关项目组，在工程开发部下设“醚酯合成与转化”、“水煤气变换与净化”、“先进催化材料”、“催化工艺与工程”、“绿色分子催化”等若干项目组、1个“仪器与分析测试”公共平台和1个“过程与工艺放大”平台。
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